196体育变分主动编码器是拥有天生才略的无监视呆板练习模子,当利用于卵白质数据时,景观它们能够通过编造发育对序列实行分类,并天生保存卵白质构成统计特征的新序列。
以前的磋商会合正在聚类和天生特质上,最新揭晓于 Nature Communications 的这项磋商,景观评估的是序列音讯所嵌入的潜正在流形(underlying latent manifold)。为了磋商潜正在流形的特征,景观作家操纵直接耦合领会和 Potts Hamiltonian 模子来修筑一个潜正在的天生景观。论文展现了这一景观是何如缉捕编造发育分组,以及席卷 Globins、β-内酰胺酶、离子通道和转录因子正在内的几个编造的效力温和应特征的。这项磋商阐发景观何如帮帮咱们理会尝试数据中参观到的序列变异性的影响,并供给合于定向和天然卵白质演化的洞察力。将变分主动编码器的天生特征和效力预测才略与协同演化领会连系起来,大概有利于卵白质工程和策画的利用。
作品指出,景观196体育卵白质序列空间中存正在着很多差异的效力,景观然则这些效力之间的合连很难被直接参观到。作家们应用了一种新的办法来磋商这些效力之间的合连,这种办法被称为“潜正在天生景观”。潜正在天生景观能够用来描绘卵白质序列空间中的效力多样性,而且能够用来预测新的卵白质序列的效力。196体育
图2. 熵和哈密顿分数与 tRNA 合成酶家族练习序列保真度之间的合连。
原题目:《Nat. Commun. 速递:举动卵白质序列空间效力多样性照射的潜正在天生景观》
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